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2. 어류의 내부  기관
-소화기관
어류의 소화 기관은 입과 구강에서 시작하여 식도, 위, 창자를 거쳐 총배설강에 이르는 근육질과 관과이와 관련된 섭식장치(이, 새파 등), 그리고 소화샘(간, 담낭, 이자, 유문수, 직장샘)으로 구성된다(그림 12). 이와 같은 소화 기관의 구조는 먹이의 종류나 성장 단계에 따라 달라진다.
입은 대부분 주둥이 앞끝에 있지만 원구류, 연골어류 및 저서성 경골어류는 주둥이의 아래쪽에 있다. 은어와 같이 주로 돌이나 바위에 붙어 있는 부착 조류를 섭식하는 어류는 턱에 작은 칫솔 모양의 이가 있어서 훑어 내는 데 사용하지만, 플랑크톤을 먹고 사는 종류는 아가미 안쪽에 가늘고 딱딱한 새파가 있어서 플랑크톤을 걸러 모으는 데 이용한다. 그리고 무척추동물이나 다른 물고기를 잡아먹고 사는 포식성 어류는 턱이나 입천장 또는 새궁에 단단한 송곳니가 나 있다. 한편, 잉어과 어류를 비롯한 많은 어류는 턱에 이가 없는 대신 인두골의 등 쪽과 배 쪽에 1쌍 혹은 여러 쌍의 인두치(pharyngeal teeth)가 있어 먹이를 갈아 부수고 자르는 데 이용한다.
 
위는 식도에 이어지는 분문부(cardiac portion)와 이것에 연결되어 먹이를 저장하는 맹낭부(blind sac) 및 창자로 먹이를 내보내는 유문부(pyloric portion)로 이루어진다. 숭어와 농어 등의 유문부에는 손가락 모양의 유문수(pyloric caeca)가 있어서 소화 효소의 분비 및 흡수의 기능도 수행한다.
 
창자는 주로 영양 물질을 흡수하는 관으로 안쪽 면에는 주름이 많이 있거나, 연골여류의 경우는 나선판이 있어 흡수 표면적을 넓혀 주고 있다.  창자의 길이는 섭취하는 먹이의 종류에 따라 달라서 육식성 어류는 창자가 짧고 비교적 반듯한 데 비해 초식성 어류는 길고 구불구불하다.
 
간에서는 쓸개진을 만들어 담낭에 일시 저장하였다가 창자로 내보내고, 이자도 소화액과 호르몬을 창자로 내보내며, 소화되지 않는 물질은 총배설강을 통하여 몸 밖으로 배출한다.
 
- 호흡기관
대부분의 어류는 호흡기관인 아가미로 물 속에 녹아 있는 산소를 흡수하고 몸 속의 이산화탄소를 물로 배출한다. 일부 특수한 어류는 창자나 부레를 이용하여 공기 호흡을 하기도 하며, 피부로 가스 교환을 하는 종도 있다.
입 안으로 들어온 물은 아가미의 새엽(gill filament) 위쪽에 있는 새판(gill lamellae)사이를 지나가게 되는데, 이 때 새판에 있는 모세 혈관을 통하여 가스 교환이 이루어진다.(그림 13). 가스교환에 직접 관여하는 새엽의 표면적은 어류의 습성에 따라 다르지만 활발하게 유영하는 어류일수록 새엽의 표면적이 크다. 경골어류에서는 아가미뚜껑이 있어 아가미를 보호하지만 상어나 가오리 등의 연골어류는 피부덮개로 보호된다. 대부분의 어류는 체강의 신장 바로 아래쪽에 부침조절 기관인 부레가 있다. 분화된 경골어류의 부레는 소화관과 연결되지 않은 무관표(physoclistomous air bladder)이지만 원시적인 경골어류는 부레와 소화관이 작은 관으로 연결된 유관표(physostomous air bladder)이다. 일반적으로 어류는 부레 속의 공기의 양을 조절함으로써 뜨고 가라앉음을 조절한다. 그러나 심해성 어류나 일부 저서성 어류는 부레가 축소되어 작은 구조로 되었거나 없는 경우도 있다.
 
- 순환기관
순환계 또는 혈관계는 심장, 동맥, 정맥 및 모세혈관으로 이루어진다. 심장은 가슴의 복부 중앙에 위치하며, 1개의 심방(auricle), 1개의 심실(ventricle), 동맥구(bulbus arteriosus) 및 정맥동(sinus venosus)으로 되어 있다. 몸의 각 부분에서 돌아온 정맥혈이 정맥두에 모여 심방으로 들어간 후 바로 심실로 이동한다. 심실은 두꺼운 근육벽을 가지고 있어 박동함으로써 혈유를 일으키고, 심방과 심실의 경계에 막질의 판막이 있어 혈액의 역류를 방지하면서 동맥구를 통하여 복부 대동맥으로 들어간 후 아가미의 모세 혈관에서 가스 교환이 이루어진다. 산소를 지닌 혈액은 원심성 동맥을 거쳐 등 대동맥(dorsal aorta)으로 들어간 후 머리와 몸통 등의 온몸의 조직과 기관으로 옮겨가 산소와 영양 물질을 공급한다(그림 14).
혈액은 액체 성분인 혈장과 고형 성분인 혈구로 되어 있는데, 혈구에는 백혈구, 적혈구와 혈소판이 있다. 적혈구는 헤모글로빈을 가지고 있어서 담적색을 띠며, 구형 또는 타원형의 핵을 가지고 있다.
 
- 배설과 삼투 조절 기관
어류의 주배설 기관은 신장이지만, 피부, 아가미 및 소화관도 부분적으로 배설에 관여한다. 어류의 배설 기관은 노폐물의 배출뿐만 아니라 수중 환경에서 어류의 체내 삼투압 조절에도 중요한 역할을 한다.
경골어류의 신장은 중신으로 좌우 1쌍이 있는데, 각각의 신장에는 세뇨관과 이것에 관련된 사구체 및 림프 조직으로 되어 있다. 신장 조직과 이어진 수뇨관은 하나의 관으로 되어 총배설강으로 이어지거나 종류에 따라 총배설강 바로 앞에 있는 방광에 연결되기도 한다.
담수어류의 체액은 담수보다 삼투압이 훨씬 높기 때문에 물이 항상 피부와 아가미를 통해서 체내로 들어온다. 따라서 담수어는 입으로 물을 많이 섭취하지 않으며, 신장을 통해 다량의 묽은 오줌을 배출한다. 동시에 아가미의 특수 세포와 구강 내면으로부터 필요한 염분을 계속 흡수하므로 체내의 적정 염분의 양을 유지한다. 한편, 해산 경골어류는 많은 양의 물이 몸 속에서 주변 해수로 빠져 나가기 때문에 부족한 물을 섭취하기 위해서 많은 양의 물을 입으로 마시고, 필요한 물을 신장의 모세혈관에서 재흡수한다. 또, 농축된 소량의 오줌을 배출하며, 질소 노폐물의 대부분은 아가미를 통해 암모니아로 분비한다. 연어나 뱀장어와 같이 해수와 담수를 오가는 경골어류는 해수와 담수가 혼합되는 기수에서 머물 때에는 생리적으로 염분의 농도를 조절한다.
 
- 생식기관
어류의 생식 기관에는 알을 만드는 난소(ovary)와 정자를 만드는 정소(testis)등의 생식소(gonad)가 있다.(그림 15). 원구류는 생식소가 가늘고 긴 1개의 관이 체강의 등 쪽에 붙어 있으나 연골어류나 경골어류는 체강 등 쪽의 좌우에 1쌍이 있는 것이 보통이다. 수컷은 체강 속에 2개의 정소가 있는데, 때로는 1개인 경우도 있다. 경골어류의 정소에는 수정관이 비뇨생식개공으로 연결되어 몸 밖으로 배출되고, 암컷은 난소에서 만들어져 몸 밖으로 배출된다. 정자는 기본적으로 머리와 꼬리로 이루어졌는데, 머리는 구형 또는 타원형으로 핵과 세포질로 되었으며, 머리에 이어 중편(mid piece)이 있고 운동 기관으로 꼬리가 있다. 알은 대체로 작은 공 모양으로 바깥에는 색이 없고, 엷은 두 층의 난막이 있으며, 내부에는 무색 투명한 층과 무색의 난황 및 1개 또는 여러 개의 유구가 있다.