우리 실험실에서 진행하는 NGS 분석법과 타 실험실에서 진행하는 NGS 분석법.
서로 논의를 하지 않았음에도 비슷한 '합의점'을 이끌어 내고 있다.
과학적 사고의 수렴이랄까?
ngs-copepods0402.pptx
Molecular Ecology Resources (2015) 15, 68–80
A metagenetic approach
for revealing community structure
of marine planktonic copepods
J. HIRAI,* M. KURIYAMA,* T. ICHIKAWA,* K. HIDAKA* and A. TSUDA†
*National Research Institute of Fisheries Science, Fisheries Research Agency, 2-12-4 Fukuura, Kanazawa, Yokohama, Kanagawa
236-8648, Japan, †Atmosphere and Ocean Research Institution, The University of Tokyo, 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa, Chiba
277-8564, Japan
LTS를 이용한 종판별
DNA-based species detection capabilities using laser transmission spectroscopy.
A.R.Mahon, M.A.Barnes, F.Li, S.P.Egan, C.E.Tanner, S.T.Ruggierio, J.L.Feder and D.M.Lodge
Journal of The Royal Society Interface
doi:10.1098/rsif.2012.0637/ published online
LTS(Laser transmission spectroscopy)를 이용하여 발라스트 워터안에 있는 특정 종을 확인(양 및 사이즈 측정 가능)
하는 실험에 대한 논문이다. 이 장치로도 아직 갈 길은 멀지만,
한정된 지역 (freshwater의 ballast water)에서는 잘 작동한다고 하니 괜찮은 방법인 듯 싶다.
이 논문을 쓴 학교 근처에는 그뤠이트 래이크라는 호수가 있고 실험실 이름도 그레이트 레이크 연구소라서 그런지, 그나마 적용이 쉬었을 듯.
장점: LTS는 빠르고 비싸지 않고, 비 전문가도 적용가능한 툴.
단점: 판별 종을 넓히면 민감도가 떨어짐.
물만 떴을 뿐인데.. 그 안에 어떤 것들이 있을까?
20121025-정다금.pptSpecies detection using Environmental DNA from Water Samples
Biology letters (2008) 4, 423-425
Gentile Francesco Ficetola, Claude Miaud, Francois Pompanon and Pierre Taberlet
물을 떠서 DNA를 얻고 특정 종이 있는지 살펴본다..
기존에 생물의 조직을 떼서 무슨 종인지 살펴보는 것이 아니라, 그들이 살았던 환경에서 DNA를 추출해 그 종이 있는지 여부를 알아보는 실험이다. 그들이 살았던 환경은 여기서는 '닫혀진 물'이다. 아마도 바다에서 진행을 하는 데는 어려움이 있을 듯 싶지만 대단한 발상이라고 생각한다.
혹, 숲속에서 '똥' 모양을 보고서 '무슨 종'이라고 했던 마냥, 물 속에서도 그들의 분비물을 갖고 DNA를 추출하여 종을 판별하는 것. 굳이 생물들을 죽일 필요가 없다는 점이 최대 강점이 아닐까 한다.
과연 가오리는 상어에서 유래했을까?
Molecular phylogenetic evidence refuting the hypothesis
of Batoidea (rays and skates) as derived sharks
Christophe J. Douady, Mine Dosay, Mahnmood S. Shivji, and Michael J. Stanhope
Molecular Phylogenetics and Evolution 26 (2003) 215-221
가오리가 상어에서 유래했는지에 대해 알아보는 논문
(기존 형태연구에서 제기한 두가지 가설을 분자형질로 알아보는 논문이다.)
여기서는? 가오리가 상어에서 유래하진 않았을거라 본다. 가오리와 비슷하게 보이는 상어류가 있는데, 이들과 형질이 비슷한 것은 원시 공동조상일 때 갖고 있던 형질이 나중에야 비로소 나왔던가 혹은 개별적으로 수렴되다보니 형태적으로 비슷하게 되지 않았을까 추정한다. 2003년 논문이다 보니, 후에는 ... 상어에서 유래되었다고 보여지는 계통도를 가진 논문도 있고....
Barcoding Universal primer cocktail for fish DNA barcoding
Natalia V. Ivanova, Tyler S. Zemlak, Robert H. Hanner and Paul D. N Hebert
Canadian Centre for DNA barcoding, Biodiversity Institute of Ontario, University of Guelph, Guelfph, Ontario, Canada N1G 2W1
M13 forward/reverse 프라이머를 각 universal primer에 tagging하니 sesquencing할 때도 좋고,
여러종의 다양한 primer를 한번에 증폭하기도 편하다. Good!!!
Specificatioin of Phylogenetic Interrelations between Skate-Rays and Sharks
Specification of Phylogenetic Interrelations between Skate-Rays and Sharks.pdf
Journal Evolutionary Biochemistry and Physiology, 2006, Vol 42, No. 2, pp. 128-133
Comparative and ontogenic biochemistry
Specificatioin of Phylogenetic Interrelations between Skate-Rays and Sharks
Mine Dosay-Akbulut
Medical Biology and Genetics Department, Veterinary Faculty, Afyon Kocatepe University, Afyon, Turkey
Global patterns and predictors of marine biodiversity across taxa
Derek P. Tittensor1, Camilo Mora1, Walter Jetz2, Heike K. Lotze1,
Daniel Ricard1, Edward Vanden Berghe3 & Boris Worm1
1: Department of Biology, Dalhousie University, 1355 Oxford Street, Halifax B3H 4J1, Canada.
2: Department of Ecology and Evolutionary Biology, Yale University, 165 Prospect Street,
New Haven, Connecticut 06520-8106, USA. 3Institute of Marine and Coastal Sciences, Rutgers University, New Brunswick, New Jersey 08901-8521, USA.
Nature letters, Vol 466,
Point: 해양생물다양성의 경우 SST 해수표면 온도와 유의한 관계에 있고, Habitat, Human impact도 영향을 받는다.
그러므로..
지구온난화를 방지하고, 인간의 영향이 바다에 덜 미칠 수 있도록 하자는 것.
Chapter7. Bayesian phylogenetic analysis usign MrBAYES
7. 1 Introduction
7.2 Bayesian phylogenetic inference
7.3 Markov chain Monte Carlo sampling
7.4 Burn-in, mixing and convergence
7.5 Metropolis coupling
7.6 Summarizing the results
7.7 An introduction to phylogenetic models
7.8 Bayesian model choice and model averaging
7.9 Prior probability distribution
영어발표 지못미;;;
Chapter7.docxCladogenetic correlates of genomic expansions in the recent evolution of actinopterygiian fishes
Proceedings of The royal society B
(2006) 273, 33-38
Judith E. Mank1, and John C. Avise2
1. Department of Genetics, University of Georgia, Athens, GA 30602, USA
2. Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Irvine, CA 92697, USA
Keyworlds: gene duplications; speciation; phylogeny; C-value paradox; ray-finned fishes
10장 Genetic Drift: Evolution at Random- 유전적 부동, 무작위적 진화
10.1 유전적 부동의 이론
-표본오차로서 유전적 부동
-합류
-대립유전자 빈도들의 무작위 변동
10.2 유전적 부동에 의한 진화
-유효집단 크기
-창시자 효과
-실제집단들에서 유전적 부동
10.3 분자진화의 중립 이론
-중립 이론의 원리
-종내 그리고 종간 변이
-종간의 비교가 중립 이론을 지지해주는가?
10.4 유전자 흐름과 유전적 부동
-유전자 계통수들 그리고 집단 역사
-현대 호모 사피엔스 기원을 다시 생각해보기
8.1 유전자와 유전체들
8.2 유전자 돌연변이들
돌연변이의 예
돌연변이의 표현형적 효과
적응성에 미치는 돌연변이의 효과
8.4 재조합과 변이
8.5 핵형의 변화
염색체 재배열
7장 생물다양성의 진화
7.1 분류학적 다양성의 변화추정
비율들
멸종의 원인들
멸종률의 감퇴
대멸종
기원과 다양화
환경적 변화의 역할
Protein evolution & Evolution of (βα)8 barrel enzyme
음 그랬던거 같다. 아무튼 구조생물학 전공이신 차선신 박사님(교수님)께 수업을 듣고
발표한 내용이다.
책 일부에서 다룬 단백질 진화와 enzyme 중에 많은 수를 차지하는 (βα)8 barrel형태를 가진 애들의 진화를 다룬 것.
많은 것을 배우고 느낄 수 있었던 수업이었다.
Publish or Perish!...항상 명심하고 입으로 논문쓰지 말지어다!... 아하하하하하하하하.
chapter 3자료
Chapter 6. Sequence alignment algorithms
Chapter 6.
6.1 what is an algorithm?
6.2 Pairwise sequence alignment - the problem
6.3 Pairwise sequence alignment - dynamic programming method
- 6.3.1 Algorithm 1 - Global alignment with linear gap penalty
- 6.3.2 Algorithm 2 - Local alignment with linear gap penalty
- 6.3.3 Algorithm 3 - General gap penalty
- 6.3.4 Algorithm 4 - Affine gap penalty
6.4 The effect of scoring parameters on the alignment
6.5 Multiple sequence alignemtn
- 6.5.1 The progressive alignment method
- 6.5.2 Improving progressive alignment
- 6.5.3 Recent developements in multiple sequence alignment
Chapter 3- Molecular evolution and population genetics
출판사에 문의해보니 번역을 올리는 것은 안된다고 했다.
그래서 내가 발표한 chapter만.
뒤로 갈 수록 통계/수학적인 의미에 두통이 -.-
결국 슬라이드도 깨끗하다는...
수식을 다 슬라이드에 적어두는 것이 좋지만. 일단은..
Chapter 3.
3.1 What is evolution?
3.2 Mutations
3.3 Sequence variation within and between species
3.4 Genealogical Trees and Coalescence
3.5 The spread of New mutations
- 3.5.1 Fixation of neutral mutations
- 3.5.2 Simulation of random drift and fixation
3.6 Neutral evolution and adaptation
