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- 생식기관
어류의 생식 기관에는 알을 만드는 난소(ovary)와 정자를 만드는 정소(testis)등의 생식소(gonad)가 있다.(그림 15). 원구류는 생식소가 가늘고 긴 1개의 관이 체강의 등 쪽에 붙어 있으나 연골어류나 경골어류는 체강 등 쪽의 좌우에 1쌍이 있는 것이 보통이다. 수컷은 체강 속에 2개의 정소가 있는데, 때로는 1개인 경우도 있다. 경골어류의 정소에는 수정관이 비뇨생식개공으로 연결되어 몸 밖으로 배출되고, 암컷은 난소에서 만들어져 몸 밖으로 배출된다. 정자는 기본적으로 머리와 꼬리로 이루어졌는데, 머리는 구형 또는 타원형으로 핵과 세포질로 되었으며, 머리에 이어 중편(mid piece)이 있고 운동 기관으로 꼬리가 있다. 알은 대체로 작은 공 모양으로 바깥에는 색이 없고, 엷은 두 층의 난막이 있으며, 내부에는 무색 투명한 층과 무색의 난황 및 1개 또는 여러 개의 유구가 있다.
 
- 내분비 기관
내분비 기관은 분비액을 일정한 관을 통하지 않고 혈액과 조직 속으로 분비하는 기관이며, 중추 신경계에 전해져 체내의 특정한 기관을 자극하거나 형태적-생리적 변화를 일으키는 분비물을 호르몬이라고 한다. 어류의 내분비샘은 간뇌의 아래쪽에 돌출된 뇌하수체(pituitary), 혀의 기부 조직 가운데에 있는 갑상선(thyroid), 좌우 신장의 접합부에 있는 부신(adrenal gland), 이자의 조직 내에 있는 랑게르한스섬(islands of Langerhans), 생식선(gonad gland)등이 있으나 그 기능이 알려지지 않은 것도 있다.(그림 16). 이와 같이, 내분비 기관은 성장, 삼투압 조절, 지방의 저장과 생식 및 성 활동과 같은 대사 작용을 조절한다.
 
- 신경계와 감각기관
외부 환경의 자극을 감지하거나 그 자극에 대한 반응을 근육이나 분비샘에 전달하는 기관은 신경계이다. 어류의 신경계는 뇌와 척수의 중추 신경계와 이 기관과 연결된 말초 신경계로 구성되었다. 그리고 자극을 받아들이는 감각 기관으로는 눈, 측선계, 후각기와 미각기 등이 있다.
 
(1) 뇌
경골어류의 뇌는 포유류의 뇌와 비슷하지만 형태는 상당히 다르다. 뇌는 앞에서부터 전뇌, 중뇌 및 후뇌로 나뉘고, 다시 전뇌는 단뇌(telencephalon)와 간뇌(diencephalon)로, 후뇌는 소뇌와 연수로 구분된다(그림 17). 단뇌는 뇌의 가장 앞쪽에 있으며, 그 곳에 있는 후엽(olfactory lobe)은 비강과 신경으로 연결되어 냄새 감각에 관여한다. 간뇌는 후엽의 뒤쪽에 연속하여 복잡한 구조를 하고 있어서 등 쪽은 상생체(epiphysis)혹은 송과선(pineal gland)이 돌출되고, 배 쪽은 시상하부(hypothalamus)라 하여 이 아래쪽에 하수체와 혈낭체가 부착되어 있다.
중뇌는 비교적 잘 발달된 시엽(optic loge)이 좌우 2엽으로 되어 있고 여기에 시각 중추가 있다. 소뇌는 시엽 등 쪽 바로 뒤에 위치하는 팽출부로 몸의 평형 유지 등에 관여하는데, 유영력이 강한 어류는 소뇌가 발달되어 있다. 연수는 뇌 뒷부분의 복측에 있으며, 그 뒤끝은 척수에 연결되어 호흡과 심장 박동 등을 조절하는 자율 신경의 중추부이다. 연수는 측선 감각계와 관련된 중추부이다.
 
(2) 척수
척수는 연수의 뒤끝에서 척주의 등 쪽을 따라 꼬리부까지 연속된 회백색의 가늘고 긴 신경으로 척추골로 둘러싸여 보호되고 있다. 척수의 양쪽으로는 많은 척수 신경이 척추의 마디마다 나와 있다. 척수는 반사 작용의 조절 중추이며 유영 운동도 여기에서 조절한다.
 
(3) 말초 신경계
뇌와 척수에 있는 여러 중추 기관과 말초 기관의 연락을 맡고 있는 신경으로, 자극을 말초부에서 중추부로 전하는 감각 신경과 중추부에서 말초부로 명령을 전하는 운동 신경이 있다. 뇌에는 10쌍의 뇌신경이 있고 척수에는 여러 쌍의 신경이 척추골의 마디마다 나와 있다. 자율신경인 교감신경은 내장 기관, 혈관, 근육과 피부 등에 분포하고, 부교감 신경은 동안 신경, 안면 신경 및 미주 신경 드에 분포하여 교감 신경과 반대 작용을 한다.
 
(4) 감각 기관
가. 후각: 후각은 대부분의 어류에 있어서 중요한 감각이다. 눈이 작은 뱀장어 종류는 전적으로 후각에 의지하여 먹이를 얻기도 한다. 어류의 후각 기관인 비강은 주둥이의 등 쪽 표면에 있다(그림 18). 어류의 비강에는, 물 속에 녹아 있는 먹이 물질로부터 나온 화학 물질을 감지하는 특수한 감각 세포가 있어서 이것이 제1뇌신경을 통해 뇌에 전달된다.
 
나. 미각: 어류는 구강뿐만 아니라 머리와 몸통에 작은 구멍으로 된 미각 기관 또는 맛봉오리가 잘 발달되어 있다. 시각이 좋지 않은 일부 메기류는 입수염에 있는 보조적인 미각기로 먹이를 찾는다.
 
다. 시각: 어류의 눈은 다른 척추동물의 눈과 기본적으로 비슷하다. 어둡고 침침한 수중 환경에서 사는 물고기의 눈은 퇴화되었지만 그 대신 미각과 같은 다른 감각 기관은 발달되었다. 빛이 잘 비치는 얕은 물에 사는 물고기의 눈은 크기가 비교적 작으나 효과는 크다. 대부분의 눈에는 구형의 수정체가 있는데, 그 바깥층에는 안구를 보호하는 각막이 있고, 각막 안쪽에는 수정체를 둘러싸고 있는 홍채가 있으며, 수정체의 등 쪽은 인대에 의해서, 배 쪽은 렌즈근에 의해 지지되어 있다. 수정체를 통하여 들어오는 광선은 감각 세포가 있는 망막에서 받아 시신경으로 이어지고, 안구 뒤쪽은 공막에 의해 보호되고 있다. 일부 상어류는 육상 척추동물처럼 수정체의 모양을 변화시켜 조절한다. 일부 얕은 곳에 사는 물고기는 색을 구별하기도 한다(그림 19).
 
라. 청각: 청각 기관인 속귀(내이)는 막으로 된 미로와 뼈로 구성되어 있다. 물의 진동 및 흐름과 압력이 머리와 몸 표면에 있는 측선 기관에 전달되어 부레와 웨버 기관을 거쳐 속귀로 전달된다. 미로는 전반규관과 후반규관, 수평반규관으로 구성되어 있고 그 아래에는 이석이 있다. 이 반규관 내부에 있는 액체인 림프를 움직임으로써 그 자극이 소뇌로 전달된다(그림 20). 많은 어류는 부레, 목구멍 및 이에서 소리를 내어 서로 의사를 전달하기도 한다.
 
마. 측선 기관: 어류 특유의 감각계인 측선 감각계는 눈 주위, 아래턱 주변, 머리의 위쪽과 몸통 중앙 아래의 피부의 비늘에 비스듬히 구멍이 뚫려 관으로 이어지는데, 여기에는 점액이 채워져 있고, 그 주변에 촉감구(neuromast)가 있어 감각 신경에 연결되어 있다(그림 21). 측선은 촉각, 물 흐름, 압력, 수온 및 진동 등의 여러 가지 변화를 감지한다.